Повољни природни услови овог планинског масива омогућили су развој богатог и разноврсног биљног света који су пручавали многи истраживачи, широм света, с различитих аспеката. Биљни свет је заступљен са многобројним врстама дрвећа, жбунова, зељастих биљака, цветница, папрати, маховина, а од којих су многе и лековите.
Високопланинска флора Копаоника заступљена је са 825 биљ. врста и подврста сврстаних у 292 рода и 80 фамилија, што представља 1/5 укупне флоре Србије.
Највиши шумски појас изнад 1500 мнв покривају густе смрчеве шуме док се на већим надморским висинама (1750-1900) смрчеве шуме проређују и прелазе у заједнице ниских жбунова где преовлађују планинска клека и боровница.
Ледено доба је, у односу на остале делове Европе, на нашим планинама незнатно уништило флору о чему сведочи и бројна реликтна флора тј. биљке које су остаци некадашње древне флоре. Реликтна флора указуја на аутохтоност флоре и вегетације Копаоника. Биљке реликти Копаоника су: Leontopodium alpinum, Vaccinium uliginosum, Eriophorum latifolium, Taxus bacata, Acer heldreichii, Ostya carpinifolia, Trolius europaeus и др.
Вегетација
На Копаонику је заступљено изузетно правилно висинско смењивање вегетације и почиње од врбово-тополово-јовових шума у долини река, преко термофилних шума црног бора, заједнице цера и сладуна, шуме китњака и граба, шума медунца и црног јасена затим шума брдске букве, шуме храста китњака (до 1100 мнв), шуме букве и јеле (до 1600 мнв) у које продире смрча, која доминира у шумама од 1550 до 1750 мнв.
Изнад 1750 мнв почиње зона жбунасте полегле клеке и боровнице са ниском субалпском формом смрче, па све до алпских сувати које се налазе изнад 1950 мнв.
Локални ендемити
На територији НП Копаоник, живе три стеноендемичне биљне врсте. Карактеристика стеноендемичних врста је да су распрострањене на јако малом простору (неколико хектара или чак неколико ара). На Копаонику то су :
Копаоничка чуваркућа (Sempervivum kopaonikense, Pancic 1874), вишегодишња, сукулентна биљка из породице купусњача (Brassicaceae),са розетом пречника 5-12 цм. Из средине розете развија се усправна, жлездасто длакава цветна стабљика. Цветови су жуте боје, груписани у вршним цвастима. Вегетативно се размножава раздвајањем розета. Расте по каменитим и кршевитим местима. Ову врсту је описао Јосиф Панчић.
Копаоничка љубичица (Viola kopaonikensis), биљка из породице љубичица (Violaceae) локални је стеноендемит Копаоника (не расте нигде више у глобалним размерама). Цвет је интезивно жуте боје, пречника до 12 цм, састављен од пет неједнаких круничних листића. Стабло је разгранато, са јајастим, таласасто назубљеним листовима дугим до 1,5 цм. Расте искључиво на серпентинитским камењарима од 1.500 до 2.000 м. н.в., на локалитетима: Кукавица, Небеске столице, Треска. Врста је заштићена према националном законодаству.
Панчићева режуха (Cardamine pancicii Hayek), вишегодишња зељаста биљка из породице купусњача (Brassicaceae), висине 10 цм, са малим бочним розетама приземних листова. Листови су режњевито усечени. Може се наћи на високопланинским рудинама, тресавама, смрчевим шумама и у субалпским жбунастим заједницама сибирске клеке. Ова врста расте једино на Копаонику. Заштићена је према националном законодавству.
Заштићене биљне врсте
У НП Копаоник живи и 91 ендемична и 82 субендемичне биљке, од којих је чак 30 врста заштићено Уредбом о заштити природних реткости територије Србије тј. стављене су под режим апсолутне заштите. Забрањено је свако њихово чупање, кидање, сечење, ломљење, и на било који начин уништавање и оштећивање. Изузетно се може извршити нека од ових радњи али само у научне сврхе и то уз одобрење Завода за заштиту природе Србије.
То су следеће биљне врсте:
Биљне врсте са Европске црвене листе
Европска црвена листа (European Red List, UNESCO, New York, 1991.) је књига ретких и угрожених врста биљака и животиња, са њиховим описом, распрострањеношћу, степеном угрожености и мерама заштите.
У овој Међународној Црвеној листи заступљене су 4 биљне врсте регистроване у НП Копаоник и то су, из групе ендемичних биљака:
На Копаонику се јављају, у складу са категоријама међународне асоцијације за заштиту природе (IUCN), и врсте сврстане у различите категорије угрожености и то су :
Врсте у опасности да ишчезну: Potentilla palustris и Gentiana lutea.
Рањиве врсте: Pinus silvestris, Dactyloriza majalis, Trolius europaeus, Geum montanum, Leontopodium alpinum.
Ишчезле (неодређене) врсте: Anemone narcisiflora, Primula minima, Geum reptans, Silene sahifraga, Narcissus radiflorus.
Ретке врсте: Arctostaphilus uva ursi, Gentiana cruciata, Aster alpinus, Iris graminea и многе друге.